Η ακτοπλοϊκή σύνδεση της Σαμοθράκης με την Αλεξανδρούπολη αποτελεί άγονη γραμμή, δηλαδή δρομολόγιο που επιδοτείται από το κράτος μέσω μειοδοτικού διαγωνισμού, καθώς δεν είναι οικονομικά βιώσιμο χωρίς κρατική στήριξη. Οι συμβάσεις για τις άγονες γραμμές, που ήταν ετήσιες μέχρι πρόσφατα, έχουν πλέον τετραετή διάρκεια (από 1η Νοεμβρίου 2025 έως 31η Οκτωβρίου 2029), με συνολική χρηματοδότηση 668 εκατ. ευρώ για την τετραετία, αυξάνοντας την ετήσια επιδότηση από 148 σε 167 εκατ. ευρώ. Για το 2026, η εταιρεία Zante Ferries συνεχίζει να εξυπηρετεί το δρομολόγιο Αλεξανδρούπολη-Σαμοθράκη.
Η διαδικασία καθορισμού των δρομολογίων περιλαμβάνει γνωμοδότηση του Συμβουλίου Ακτοπλοϊκών Συγκοινωνιών και υπογραφή από τον υπουργό Ναυτιλίας, ο οποίος έχει δικαίωμα αλλαγών και τροποποιήσεων. Οι νέες συμβάσεις προβλέπουν πρόσθετες κοινωνικές παροχές, όπως δωρεάν μετακινήσεις για νεφροπαθείς, καρκινοπαθείς και ΑμεΑ άνω του 67% δύο φορές τον μήνα, έκπτωση 50% για τρίτεκνες οικογένειες και συνταξιούχους του ΝΑΤ. Το θέμα των χρεώσεων εισιτηρίων είναι ιδιαίτερα σημαντικό, καθώς η εποχικότητα αποτελεί τη μεγαλύτερη αδυναμία του συστήματος, με το καλοκαίρι να συγκεντρώνει το μεγαλύτερο μέρος των εσόδων και τον χειμώνα οι εταιρείες να διατηρούν γραμμές με χαμηλή πληρότητα και υψηλό κόστος.
Η ποιότητα και η συχνότητα των δρομολογίων επηρεάζουν άμεσα την καθημερινότητα των κατοίκων και την τουριστική ανάπτυξη του νησιού. Η απόσταση μεταξύ Αλεξανδρούπολης και Σαμοθράκης είναι περίπου 36,3 μίλια (58,4 χλμ.) ή 31,5 ναυτικά μίλια, με χρόνο διέλευσης περίπου 1 ώρα 45 λεπτά. Η διαβούλευση με τοπικούς φορείς και την ακτοπλοϊκή εταιρεία είναι κρίσιμη για τη διαμόρφωση δρομολογίων που ανταποκρίνονται στις πραγματικές ανάγκες της τοπικής κοινωνίας.
