Κύρια ζητήματα:
Το Πειραματικό Γενικό Λύκειο Χανίων αποτελεί μέρος του δικτύου των Πειραματικών Σχολείων που διέπεται από τον νόμο 4692/2020. Ιδρύθηκε επίσημα από τη νέα εκπαιδευτική περίοδο 2024-2025 και λειτουργεί σε συνέχεια του 1ου Πειραματικού Γυμνασίου Χανίων που ξεκίνησε τη λειτουργία του το σχολικό έτος 2021-2022. Τα πειραματικά σχολεία εφαρμόζουν καινοτόμες εκπαιδευτικές μεθόδους και ο αριθμός των μαθητών ανά τμήμα καθορίζεται από τη Διοικούσα Επιτροπή Πρότυπων και Πειραματικών Σχολείων (ΔΕΠΠΣ) με βάση τις συνθήκες λειτουργίας.
Το ζήτημα της στέγασης αποτελεί κρίσιμο πρόβλημα για το σχολείο. Αρχικά είχε προταθεί η στέγασή του στην πρώην Εκκλησιαστική Σχολή στον Άγιο Ματθαίο, ωστόσο η λύση αυτή δεν υλοποιήθηκε. Για τη μόνιμη στέγαση, το Δημοτικό Συμβούλιο Χανίων προχώρησε στην παραχώρηση οικοπέδων συνολικής έκτασης 40 στρεμμάτων από το Πολυτεχνείο Κρήτης στα Κουνουπιδιανά για την ανέγερση νέου Μουσικού Σχολείου και Πειραματικού Γυμνασίου-Λυκείου. Το θέμα εντάσσεται στο ευρύτερο πρόβλημα της σχολικής στέγης στα Χανιά, όπου τα σχολεία είναι λιγοστά καθώς εδώ και πολλά χρόνια δεν έχουν δημιουργηθεί καινούργια.