Η αποκομιδή απορριμμάτων αποτελεί υποχρέωση των κατά τόπους δημοτικών αρχών και απαιτεί τη διενέργεια δημόσιων διαγωνισμών για την ανάθεση των σχετικών υπηρεσιών σε ιδιωτικές εταιρείες ή την εκτέλεσή τους με ίδια μέσα. Οι διαγωνισμοί αυτοί ακολουθούν συγκεκριμένες διαδικασίες και όρια, με τους ανοικτούς διεθνείς διαγωνισμούς να απαιτούνται για υψηλότερα ποσά, ενώ οι δήμοι που εφαρμόζουν πρόγραμμα μηχανικής αποκομιδής υποχρεούνται να έχουν τοποθετήσει αντίστοιχους κάδους σε συγκεκριμένα σημεία.
Η διαχείριση απορριμμάτων στα νησιά του Αιγαίου αντιμετωπίζει ιδιαίτερες προκλήσεις λόγω της γεωγραφικής απομόνωσης και της εποχικής αύξησης του πληθυσμού. Για τη Σαμοθράκη προβλέπεται διαλογή στην πηγή, ανακύκλωση, κομποστοποίηση, μηχανική διαλογή και ΧΥΤΥ, ενώ μέχρι την κατασκευή των σχετικών έργων προβλέπεται η μεταφορά των απορριμμάτων στον ΧΥΤΑ Κομοτηνής και των ανακυκλώσιμων στο ΚΔΑΥ Αλεξανδρούπολης. Πρόσφατα, 50 νέοι μπλε κάδοι ενισχύουν την ανακύκλωση στη Σαμοθράκη, αντικαθιστώντας παλαιότερους που είχαν φθαρεί, ως δωρεά από την Ελληνική Εταιρεία Αξιοποίησης Ανακύκλωσης.
Η έγκαιρη ανανέωση των συμβάσεων αποκομιδής είναι κρίσιμη για την αδιάλειπτη λειτουργία των υπηρεσιών καθαριότητας, ιδιαίτερα κατά τους θερινούς μήνες όπου η τουριστική κίνηση αυξάνει σημαντικά τον όγκο των απορριμμάτων στα νησιά.
