Η ποιότητα των νερών κολύμβησης στις ελληνικές ακτές παρακολουθείται συστηματικά από το 1988, σύμφωνα με την Ευρωπαϊκή Οδηγία 2006/7/ΕΚ που εναρμονίστηκε με την ελληνική νομοθεσία μέσω της ΚΥΑ 8600/416/Ε103/2009. Η ποιότητα των νερών κολύμβησης για κάθε κολυμβητική περιοχή πρέπει να είναι σύμφωνη με τις απαιτήσεις της Ευρωπαϊκής Οδηγίας 2006/7/ΕΚ. Στην Περιφερειακή Ενότητα Χανίων υπάρχουν 48 θέσεις ελέγχου και παρακολούθησης των υδάτων κολύμβησης, ενώ το Υπουργείο Υγείας εξέδωσε εγκύκλιο για τον έλεγχο ποιότητας υδάτων κολύμβησης και τον χαρακτηρισμό καταλληλότητας ακτών για τη θερινή περίοδο 2026.
Ο ευτροφισμός είναι το περιβαλλοντικό φαινόμενο κατά το οποίο η υπέρμετρη αύξηση της συγκέντρωσης θρεπτικών στοιχείων συνεπάγεται τη μείωση του διαλυμένου οξυγόνου στο νερό. Το φαινόμενο εντοπίζεται κυρίως σε λίμνες και κλειστούς κόλπους, όπου η ανακυκλοφορία του νερού είναι περιορισμένη. Η παρουσία αυξημένων συγκεντρώσεων αζωτούχων και φωσφορικών ενώσεων με την αρωγή της ηλιακής ακτινοβολίας οδηγεί στην ανάπτυξη υδρόβιας βλάστησης και φυτικών μικροοργανισμών στο νερό.
Σύμφωνα με την ετήσια έκθεση του Ευρωπαϊκού Οργανισμού Περιβάλλοντος και της ΕΕ, η Ελλάδα βρίσκεται μεταξύ των πρωταθλητών της Ευρώπης στα καθαρά νερά κολύμβησης, με το 97,1% των υδάτων να χαρακτηρίζεται «εξαιρετικής» ποιότητας το 2025. Η τακτική παρακολούθηση της ποιότητας των νερών είναι σημαντική για τη δημόσια υγεία και την τουριστική ανάπτυξη των παράκτιων περιοχών.
